emacsを23にアップデートしてから、新しいファイルをFinderとかから選んでemacsで開こうとすると、もう一つemacsが起動してしまい、癖でC-x C-cをしてしまい最初から開いていたemacsも一緒に閉じてしまうという事が頻発していました。

解決方法: .emacsに以下を追加

;;複数ウィンドウを開かないようにする
(setq ns-pop-up-frames nil)

すると、常に同じemacsでファイルを開く事ができます。